Nature最新：U1 snRNP调控非编码RNA的染色质保留

摘要

长链非编码RNA（lncRNAs）和启动子或增强子相关的不稳定转录本优先定位于染色质，其中一些调控染色质结构、转录和RNA处理。尽管已经识别了几个负责核定位的RNA序列，如lncRNA Xist中的重复序列和长RNA中的类Alu元素，但lncRNA是如何在染色质上富集的仍然未知。本研究描述了一种随机、突变耦合、高通量的方法，我们将其命名为“通过测序进行亚细胞定位的RNA元素”（mutREL-seq）。通过这种方法，我们发现了一种RNA基序，它可以识别U1小核核糖核蛋白（snRNP），并且对于报道RNA到染色质的定位至关重要。在整个基因组中，染色质结合的lncrna富含5 '剪接位点，而缺失3 '剪接位点，与胞质定位的信使RNA相比，U1 snRNA的结合水平较高。U1 snRNA或U1 snRNP蛋白组分SNRNP70的急性耗损可显著降低数百个lncRNA和不稳定转录本的染色质关联，而不会改变细胞内的整体转录率。此外，SNRNP70的快速降解降低了新生和聚腺苷酸化的lncRNA转录本对染色质的定位，并破坏了lncRNA Malat1的细胞核和全基因组定位。此外，U1 snRNP与转录参与的RNA聚合酶II相互作用。这些结果表明，U1 snRNP以转录依赖方式广泛作用于lncRNAs并使其与染色质结合。我们的发现揭示了U1 snRNP除前体mRNA之外的未知作用，并为lncRNAs如何被募集到调控位点以执行染色质相关功能提供了分子层面的见解。